Η κουζίνα του Ωνασείου είναι πιστοποιημένη κατά το πρότυπο EN ISO 22000:2018. Εφαρμόζεται Κεντρικό Σύστημα Διανομής για την παροχή γευμάτων στους ασθενείς.
Τα διαιτολόγια των ασθενών ακολουθούν τις οδηγίες του θεράποντα Ιατρού και τροποποιούνται ανάλογα με την πορεία της νόσου. Για τη διατήρηση ισορροπημένου διαιτολογίου και την αποφυγή λοιμώξεων, απαγορεύεται η προσφορά τροφίμων από τους οικείους των ασθενών.