Οι κύριες αρμοδιότητες του Γραφείου Ιατρικών Αρχείων είναι οι ακόλουθες:

• Ο σχεδιασμός, η οργάνωση και η υλοποίηση βέλτιστων μεθόδων φυσικής και ηλεκτρονικής αρχειοθέτησης και διαχείρισης του διαρκώς παραγόμενου Ιατρικού Αρχειακού Υλικού, το οποίο κατά προσέγγιση περιλαμβάνει: 280.000 Ιατρικούς Φακέλους, 250.000 Ακτινογραφίες, 50.000 Ταινίες Αιμοδυναμικού Εργαστηρίου και 10.000 περίπου Ταινίες (VHS) του Τμήματος Υπερήχων.
• Η τήρηση και ενημέρωση των Ιατρικών Φακέλων των ασθενών (νοσηλευθέντων, νοσηλευόμενων και εξωτερικών).
• Η διανομή Ιατρικών Φακέλων ασθενών σε τμήματα του ΩΚΚ στα οποία είναι προγραμματισμένη η νοσηλεία ή επίσκεψή τους.
• Ο δανεισμός του Ιατρικού Αρχειακού Υλικού σε δικαιούμενα πρόσωπα του Κέντρου για ερευνητική ή άλλη χρήση.
• Η χορήγηση αντιγράφων Εργαστηριακών Εξετάσεων και Ιατρικών Φακέλων στους νοσηλευθέντες ή σε νόμιμα εξουσιοδοτημένα πρόσωπα.
• Η διαφύλαξη του απορρήτου των Ιατρικών Φακέλων.