Στο Τμήμα Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού υπάγονται τα Γραφεία: Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού, Εκπαίδευσης, Γραμματείας, Τηλεφωνικού Κέντρου, Βιβλιοθήκης.

Το Γραφείο Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού διαχειρίζεται τα θέματα που αφορούν στην υπηρεσιακή κατάσταση του Προσωπικού του Κέντρου. 'Εχει την εποπτεία και τον έλεγχο όλο του Προσωπικού του Κέντρου και τέλος, έχει την ευθύνη έκδοσης της μισθοδοσίας του προσωπικού.

Στο ανθρώπινο δυναμικό του Ωνασείου Καρδιοχειρουργικού Κέντρου συγκαταλέγεται το ιατρικό, το νοσηλευτικό, το παραϊατρικό -στο οποίο συμπεριλαμβάνονται ειδικότητες όπως οι τεχνολόγοι μηχανικοί και οι πυρηνικοί φυσικοί- και το διοικητικό προσωπικό.